La CEA a établi une présence sous régionale en Afrique australe en 1966 quand elle a ouvert le Bureau sous régional pour l'Afrique de l’Est et l’Afrique australe à Lusaka (Zambie). Le bureau prête ses services à 11 pays: Afrique du Sud, Angola, Botswana, Lesotho, Malawi, Maurice, Mozambique, Namibie, Zambie, Zimbabwe et Swaziland.